Ο Άγιος Ιωάννης Χρυσόστομος εκοιμήθη από εξάντληση στις 14 Σεπτεμβρίου του 407 μ.Χ. κατά τη διάρκεια της τρίτης του εξορίας από την αυτοκράτειρα Ευδοξία και τάφηκε στα Κόμανα του Πόντου.
Το σεπτό λείψανό του περίμενε επί τριάντα έτη, θαμμένο στον τόπο της εξορίας και του μαρτυρίου του.
Όταν όμως το 434 μ.Χ. πατριάρχης εξελέγη ο μαθητής του Άγιος Πρόκλος παρεκάλεσε τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο να ενεργήσει τα δέοντα, ώστε το λείψανο του μεγάλου αυτού πατέρα της Εκκλησίας να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη. Και πράγματι, τέσσερα χρόνια αργότερα, στις 27 Ιανουαρίου του 438 μ.Χ. έγινε η Ανακομιδή των Ιεωρών Λειψάνων του Αγίου.
Η Σύναξη του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου ετελείτο στο πάνσεπτο ναό των Αγίων Αποστόλων. Ιερά λείψανα του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου αφιέρωσε διά χρυσοβούλλου στη Μονή Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους ο αυτοκράτορας Ιωάννης Τσιμισκής (969 – 976 μ.Χ.) και τεμάχιο της αριστεράς χειρός ο Ανδρόνικος ο Παλαιολόγος (1282 – 1328 μ.Χ.), διά χρυσοβούλλου, τον Ιούλιο του έτους 1284 μ.Χ., στη Μονή Φιλοθέου του Αγίου Όρους. Επίσης, τμήματα του ιερού λειψάνου φυλάσσονται στις μονές Βατοπαιδίου, Ιβήρων, Αγίου Διονυσίου και Δοχειαρίου.
Ιερά Λείψανα
Η Κάρα με αδιάφθορο το αριστερό αυτί βρίσκεται στη Μονή Βατοπεδίου Αγίου Όρους.
Η δεξιά του Αγίου βρίσκεται αδιάφθορη στη Μονή Φιλοθέου Αγίου Όρους.
Δύο τμήματα της αριστεράς του Αγίου βρίσκονται στη Μονή Μεγ. Λαύρας Αγίου Όρους και ένα τμήμα της στη Μονή Βαρλαάμ Μετεώρων.
Μεγάλο τεμάχιο κνήμης και τέσσερα τεμάχια του Αγίου βρίσκονται στη Μονή Παντοκράτορος Αγίου Όρους.
Δάκτυλος του Αγίου βρίσκεται στη Μονή Δοχειαρίου Αγίου Όρους.
Αδιάφθορο μέρος του Αγίου βρίσκεται στη Μονή Μεγ. Μετεώρου.
ποτμήματα του Ιερού Λειψάνου του Αγίου βρίσκονται στις Μονές Ιβήρων Αγίου Όρους, Προυσού Ευρυτανίας και Κύκκου Κύπρου και στη Λαύρα Αγίου Αλεξάνδρου Νέβσκι Αγίας Πετρουπόλεως.